El ferry de Manila a Puerto Princesa City conecta con Palawan. La ruta la ofrece la naviera 2GO Travel. La duración del viaje es de aproximadamente 28 horas y 30 minutos.
Desde el puerto de Manila hay conexiones directas con los puertos de Cagayan De Oro, Cebu City y Bacolod City. Las rutas Manila - Cagayan De Oro, Manila - Cebu City y Manila - Bac olod City son ofrecidas aquí varias veces por semana por la naviera 2GO Travel.